Tools

From Computational Cell Biology

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==Tools used during the workshop==
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                            used during the workshop</strong></font></div></TD>
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[[Tools#Stella|Stella]] | [[Tools#Virtual Cell|Virtual Cell]]
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                            | <a href="#JDes">JDesigner</a> | <a href="#excel">Excel</a>
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===[http://www.hps-inc.com/softwares/Education/StellaSoftware.aspx Stella]===
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This software uses the metaphor of flows and stocks for drafting models of dynamic systems. Model examples and tutorials can be downloaded from the company site.
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This software is useful for Mapping and Modeling, Simulation and Analysis, and Communication
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===[http://www.vcell.org/ Virtual Cell]===
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                            Markup Language). It can be used as an interface for
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Users create models through a graphical user interface or by generating mathematical descriptions using Virtual Cell Math Language. The tool is accessible via the web with user registration.
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                            developing networks that run on Jarnac.</font></font>
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'''Virtual Cell Software Guides'''
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                      </TR>
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[http://www.vcell.org/login/VCell%20Quick%20Start%20Guide.pdf Quick tips][http://www.vcell.org/login/user_guide_4_1.pdf User Guide 4.1]
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                        <TD align=middle height=21><div align="left"><font size="2" face="Arial, Helvetica, sans-serif"><a name="virt"></a><a href="http://www.nrcam.uchc.edu/">Virtual
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                            Cell</a></font></div></TD>
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==Other tools of interest==
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                        <TD height=21 colspan="2" align=middle><p align="left"><font color="#000000" size="2" face="Arial, Helvetica, sans-serif">Users
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                            create models through a graphical user interface or
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                            by generating mathematical descriptions using Virtual
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                            Cell Math Language. The tool is accessible via the
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                            web with user registration.</font></p>
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                        <TD height=21 colspan="2" align=middle><div align="left"><font size="2" face="Arial, Helvetica, sans-serif">&nbsp;</font>
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                          </div>
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                          <hr align="left"> <div align="left"><font size="2" face="Arial, Helvetica, sans-serif">&nbsp;</font></div></TD>
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JDesigner | JigCell | Excel | MatLab | XPP
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                        <TD height=36 colspan="2" align=middle><div align="left"><strong>Other
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===[http://sbw.kgi.edu/software/jdesigner.htm JDesigner]===
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                            tools not covered in the workshop but referenced by
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                            students</strong></div></TD>
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                      </TR>
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This application is used to draw biochemical networks and export the drawn network as SBML (Systems Biology Markup Language). It can be used as an interface for developing networks that run on Jarnac.
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                      <TR>
+
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                        <TD height=21 colspan="2" align=middle><div align="center"><font size="2" face="Arial, Helvetica, sans-serif"><a href="#Paup">Paup</a>
+
-
                            | <a href="#phylip">Phylip</a> | <a href="#genmapp">GenMapp</a>
+
-
                            | <a href="#BRB">BRB Array</a> | <a href="#lotus">Lotus
+
-
                            1,2,3</a> | <a href="#jigcell">JigCell</a></font></div></TD>
+
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                      </TR>
 
-
                      <TR>
 
-
                        <TD align=middle height=21><div align="left"><font color="#000000" size="2" face="Arial, Helvetica, sans-serif"><a name="Paup"></a><a href="http://paup.csit.fsu.edu/">Paup</a></font></div></TD>
 
-
                        <TD height=21 bgColor=#ffffff><div align="left"><font size="2" face="Arial, Helvetica, sans-serif">&nbsp;</font></div></TD>
 
-
                      </TR>
 
-
                      <TR>
 
-
                        <TD height=74 colspan="2" align=middle> <p align="left"><font color="#000000" size="2" face="Arial, Helvetica, sans-serif">This
 
-
                            is a tool for inferring and interpreting phylogenetic
 
-
                            trees, available for purchase at the <a href="http://paup.csit.fsu.edu/">company
 
-
                            website</a>.</font> </p>
 
-
                          <hr align="left" width="381"></TD>
+
===Excel===
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                      </TR>
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                      <TR>
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                        <TD align=middle height=21><div align="left"></div></TD>
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                        <TD height=21 bgColor=#ffffff><div align="left"></div></TD>
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                      </TR>
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                      <TR>
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                        <TD align=middle height=25><div align="left"><font color="#000000" size="2" face="Arial, Helvetica, sans-serif"><a name="phylip"></a><a href="http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html">Phylip</a></font></div></TD>
+
-
                        <TD height=25 bgColor=#ffffff><div align="left"></div></TD>
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                      </TR>
+
===MatLab===
-
                      <TR>
+
-
                        <TD height=25 colspan="2" align=middle> <div align="left"><font color="#000000" size="2" face="Arial, Helvetica, sans-serif">This
+
-
                            is a free inference tool for phylogenetic analysis.</font>
+
-
                          </div>
+
-
                          <hr align="left" width="381"> <div align="left"><font color="#000000" size="2" face="Arial, Helvetica, sans-serif">&nbsp;
+
-
                            </font></div></TD>
+
-
                      </TR>
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                      <TR>
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                        <TD align=middle height=21><div align="left"></div></TD>
+
-
                        <TD height=21 bgColor=#ffffff><div align="left"></div></TD>
+
===MCell===
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                      </TR>
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-
                      <TR>
+
-
                        <TD align=middle height=37><div align="left"><font color="#000000" size="2" face="Arial, Helvetica, sans-serif"><a name="genmapp"></a><a href="http://www.genmapp.org/">GenMapp</a></font></div></TD>
+
-
                        <TD height=37 bgColor=#ffffff><div align="left"></div></TD>
+
-
                      </TR>
+
-
                      <TR>
+
-
                        <TD height=154 colspan="2" align=middle> <p align="left"><font color="#000000" size="2" face="Arial, Helvetica, sans-serif">The
+
-
                            main features underlying GenMAPP are:<br>
+
-
                            <br>
+
===XPPAUT===
-
                            - Draw pathways with easy to use graphics tools <br>
+
-
                            - Color genes on MAPP files based on user-imported
+
-
                            genomic data<br>
+
-
                            - Query genomic data against MAPPs and the GeneOntology
+
-
                            with MAPPFinder </font><font color="#000000" face="Arial, Helvetica, sans-serif"><br>
+
-
                            <br>
+
-
                            <font size="1">- excerpted from the <a href="http://www.genmapp.org/">GenMapp
+
-
                            site</a>.</font></font> </p>
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+
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                          <hr align="left" width="381"></TD>
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                      </TR>
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                      <TR>
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                        <TD align=middle height=21><div align="left"></div></TD>
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                        <TD height=21 bgColor=#ffffff><div align="left"></div></TD>
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                      </TR>
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                      <TR>
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                        <TD align=middle height=39><div align="left"><a name="BRB"></a><a href="http://linus.nci.nih.gov/BRB-ArrayTools.html"><font color="#000000" size="2" face="Arial, Helvetica, sans-serif">BRB
+
-
                            array</font></a></div></TD>
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                        <TD height=39 bgColor=#ffffff><div align="left"></div></TD>
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                      </TR>
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                      <TR>
+
-
                        <TD height=106 colspan="2" align=middle> <p align="left"><font color="#000000" size="2" face="Arial, Helvetica, sans-serif">BRB
+
-
                            ArrayTools is an integrated package for the visualization
+
-
                            and statistical analysis of DNA microarray gene expression
+
-
                            data.</font><font color="#000000" face="Arial, Helvetica, sans-serif"><br>
+
-
                            <br>
+
-
                            <font size="1">- excerpted from the <a href="http://linus.nci.nih.gov/BRB-ArrayTools.html">BRB
+
-
                            array site</a>.</font></font> </p>
+
-
                          <hr align="left" width="381"> </TD>
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                      </TR>
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                      <TR>
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                        <TD align=middle height=21><div align="left"></div></TD>
+
-
                        <TD height=21 bgColor=#ffffff><div align="left"></div></TD>
+
-
                      </TR>
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                      <TR>
+
-
                        <TD align=middle height=24><div align="left"><a name="lotus"></a><a href="http://www-306.ibm.com/software/lotus/"><font color="#000000" size="2" face="Arial, Helvetica, sans-serif">Lotus
+
-
                            1,2,3</font></a></div></TD>
+
-
                        <TD height=24 bgColor=#ffffff><div align="left"></div></TD>
+
-
                      </TR>
+
-
 
+
-
                      <TR>
+
-
                        <TD height=39 colspan="2" align=middle> <p align="left"><font color="#000000" size="2" face="Arial, Helvetica, sans-serif">Collaborative
+
-
                            information management. </font> </p>
+
-
                          <hr align="left" width="381"> </TD>
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                      </TR>
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                      <TR>
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                        <TD align=middle height=21><div align="left"></div></TD>
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                        <TD height=21 bgColor=#ffffff><div align="left"></div></TD>
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                      </TR>
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                      <TR>
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                        <TD align=middle height=28><div align="left"><a name="jigcell"></a><a href="http://jigcell.biol.vt.edu/"><font color="#000000" size="2" face="Arial, Helvetica, sans-serif">JigCell</font></a></div></TD>
+
-
                        <TD height=28 bgColor=#ffffff><div align="left"></div></TD>
+
-
                      </TR>
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-
                      <TR>
+
-
                        <TD height=81 colspan="2" align=middle><div align="left"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><font color="#000000" size="2">This
+
-
                            modeling framework makes uses a spreadsheet interface,
+
-
                            solves differential equations, allows users to enter
+
-
                            their own rate constants and input conditional statements
+
-
                            for the simulation.</font></font><br>
+
-
                            <br>
+
-
                            <font color="#000000" size="2" face="Arial, Helvetica, sans-serif">Because
+
-
                            the cell cycle underlies the growth, development,
+
-
                            and reproduction of all living organisms, knowledge
+
-
                            about its control is central to cell biology and has
+
-
                            potential applications in the health care and pharmaceutical
+
-
                            industries. We want to develop novel, computational
+
-
                            tools, with user-friendly interfaces, for studying
+
-
                            complex biochemical regulatory systems in general,
+
-
                            and the cell cycle control system in particular. <br>
+
-
 
+
-
                            - <font size="1">exerpted from the <a href="http://jigcell.biol.vt.edu/">JigCell
+
-
                            site</a>.<br>
+
-
                      <font size="2"><a href="docs/ModelBuilderJigCell.pdf"><br>
+
-
                            Paper on the JigCell Model Builder</a> (PDF)</font></font></font></div></TD>
+
-
                      </TR>
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                      <TR>
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                        <TD height=21 colspan="2" align=middle><div align="left"></div></TD>
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                      <TR>
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                        <TD height=21 colspan="2" align=middle> <p align="left">&nbsp;</p></TD>
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                      </TR>
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                    </TBODY>
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                  </TABLE>
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Latest revision as of 14:54, 19 December 2007

Contents

Tools used during the workshop

Stella | Virtual Cell

Stella

This software uses the metaphor of flows and stocks for drafting models of dynamic systems. Model examples and tutorials can be downloaded from the company site.

This software is useful for Mapping and Modeling, Simulation and Analysis, and Communication


Virtual Cell

Users create models through a graphical user interface or by generating mathematical descriptions using Virtual Cell Math Language. The tool is accessible via the web with user registration.

Virtual Cell Software Guides Quick tipsUser Guide 4.1

Other tools of interest

JDesigner | JigCell | Excel | MatLab | XPP

JDesigner

This application is used to draw biochemical networks and export the drawn network as SBML (Systems Biology Markup Language). It can be used as an interface for developing networks that run on Jarnac.


Excel

MatLab

MCell

XPPAUT

Retrieved from "http://raquell.us/ccb/index.php/Tools"
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